Na minha opinião, estamos a confundir a realidade com o modelo de cálculo. Na realidade, as lajes não são perfeitamente encastradas nem o seu comportamento é o de uma laje simplesmente apoiada (a menos que tenham um sistema que efetivamente lhe permita uma rotação... mas nunca vi ninguém a construir isso.
Se quisermos ser mesmo perfecionistas, seria simular a rigidez das ligações, como se houvesse molas... mas isso só costuma ser feito em sísmica.

Na prática, acabamos por usar um modelo de cálculo para encontrar os esforços mais significativos para os quais vamos dimensionar a estrutura. Se o projetista não está certo do comportamento (e muitos deveriam ter mais respeito pela sua ignorância, porque muitas vezes acham que sabem tudo e depois dá barraca), então não vejo qualquer problema em usar vários modelos de cálculo e usar os esforços mais significativos, mas confesso que nunca vi ninguém a fazer isso.
Mas na verdade, a maioria dos gabinetes hoje em dia, no entanto, usa softwares de cálculo que usam ferramentas que, de certa forma, já tratam estas questões pelo projetista.